Les virus sont-ils vivants ? Et pourquoi est-ce important ?

Scélérat. Tueur. Menace. Depuis 2020, les scientifiques et les fonctionnaires ont utilisé ces mots pour décrire le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. Des articles de presse, des documents de recherche et des tweets personnifient à plusieurs reprises le virus comme un méchant déterminé à nous tuer.

Simultanément, nous avons l’intention de le tuer, avec le lavage des mains, les lingettes antiseptiques, le désinfectant pour les mains, l’eau de Javel et même des robots qui zappent les chambres d’hôpital avec des rayons ultraviolets. Pourtant, selon la plupart des scientifiques, nous avons travaillé dur pour tuer quelque chose qui n’est pas vivant.

Les scientifiques se disputent depuis des centaines d’années sur la façon de classer les virus, explique Luis Villarreal, professeur émérite à l’Université de Californie à Irvine, où il a fondé le Center for Virus Research. Dans les années 1700, les virus étaient considérés comme des poisons. Dans les années 1800, on les appelait particules biologiques. Au début des années 1900, ils avaient été rétrogradés au rang de produits chimiques inertes.

Partout, les virus ont rarement été considérés comme vivants. Plus de 120 définitions de la vie existent aujourd’hui, et la plupart nécessitent un métabolisme, un ensemble de réactions chimiques qui produisent de l’énergie. Les virus ne métabolisent pas. Ils ne correspondent pas non plus à d’autres critères communs. Ils n’ont pas de cellules. Ils ne peuvent pas se reproduire indépendamment. Les virus sont des paquets inertes d’ADN ou d’ARN qui ne peuvent pas se répliquer sans cellule hôte. Un coronavirus, par exemple, est une sphère à l’échelle nanométrique composée de gènes enveloppés dans une couche grasse et parés de protéines de pointe.

Pourtant, les virus ont de nombreux traits des êtres vivants. Ils sont constitués des mêmes blocs de construction. Ils se répliquent et évoluent. Une fois à l’intérieur d’une cellule, les virus modifient leur environnement en fonction de leurs besoins – en construisant des organites et en dictant les gènes et les protéines que la cellule fabrique. Des virus géants récemment découverts – qui rivalisent avec la taille de certaines bactéries – contiennent des gènes pour des protéines utilisées dans le métabolisme, ce qui soulève la possibilité que certains virus puissent se métaboliser.

De plus, presque toutes les règles qui excluent les virus du monde des vivants ont leurs propres exceptions. Par exemple, Rickettsia les bactéries sont classées comme vivantes mais, comme les virus, ne peuvent se multiplier qu’à l’intérieur d’autres cellules. Tous les êtres vivants, en fait, dépendent d’autres êtres vivants. Un seul lapin ne peut pas se reproduire tout seul, mais un lapin est définitivement vivant, n’est-ce pas ?

Pour ces raisons et d’autres, le débat pour savoir si les virus sont vivants ou non se poursuit aujourd’hui. En 2004, les virologues Marc HV Van Regenmortel de l’Université de Strasbourg en France et Brian Mahy, alors aux US Centers for Disease Control and Prevention, définissaient les virus comme « des entités infectieuses non vivantes dont on peut dire, au mieux, qu’elles dirigent une sorte de la vie empruntée.

Ou peut-être qu’un virus peut être à la fois non vivant et vivant. En 2011, le biologiste Patrick Forterre de l’Institut Pasteur de Paris a soutenu que les virus alternent entre un état inactif (à l’extérieur d’une cellule) et un état vivant et métaboliquement actif (à l’intérieur d’une cellule) qu’il appelle la virocellule.

Pour Forterre, les virus sont comme des graines ou des spores. Ils ont un potentiel d’action et ce potentiel peut être éteint. Cela, au moins, correspond à notre expérience d’investir du temps et de l’argent sans fin pour essayer de tuer le VIH, le Zika, le SRAS-CoV-2 et bien d’autres.

image au microscope en noir et blanc de virus
La complexité génétique de certains virus géants, tels que le Tupanvirus montré ici, a incité certains chercheurs à se demander si les virus devraient être classés comme non vivants. Signalé en 2018, le virus a un manuel d’instructions génétiques plus volumineux que celui de certaines bactéries.J. Abrahão et al/Nature Communications 2018

Alors que les débats sur la classification peuvent parfois sembler futiles, en réalité, la façon dont nous parlons des virus affecte la façon dont ils sont recherchés, traités et éradiqués.

Personnaliser les virus en tant que méchants et menaces interfère avec une réelle compréhension de l’évolution et de la nature, explique Colin Hill, spécialiste des maladies infectieuses à l’University College Cork en Irlande. Les virus les plus efficaces sont persistants et bénins ; ils restent dormants dans les cellules ou se reproduisent lentement, afin de ne pas endommager la machinerie de réplication d’une cellule. « Les virus et leurs proies ne se battent pas, ils dansent », dit Hill. Pourtant, c’est rarement ainsi que nous les percevons.

De plus, étant donné que les virus sont fréquemment classés comme non vivants, de nombreux types d’infection virale – en particulier lorsque les virus colonisent avec succès un hôte de manière persistante et permanente sans provoquer de maladie aiguë – sont ignorés comme une science « de remous », explique Villarreal. « Pensez-y comme si vous aviez de la saleté sur vos chaussures », dit-il. Comme cette saleté, certains scientifiques considèrent les infections virales persistantes comme une simple nuisance et donc pas urgente à étudier. Par exemple, un virus à ADN appelé polyomavirus est couramment utilisé dans les laboratoires pour étudier comment les virus causent le cancer. Pourtant, comme les hôtes macaques rhésus du virus en obtiennent rarement, voire jamais, des tumeurs, on sait peu de choses sur comment et pourquoi le polyomavirus persiste dans une population animale.

Mais comprendre ces infections est extrêmement important pour l’humanité. « Un virus persistant chez un hôte est souvent assez méchant chez un autre hôte, et c’est ce que nous vivons avec COVID », explique Villarreal.

Les virus ont également été ignorés par d’autres moyens. Considérez l’arbre de vie, un modèle et un outil de recherche utilisé pour décrire l’évolution à travers le temps. Les virus sont systématiquement laissés de côté, y compris dans les versions populaires telles que Interactive Tree of Life. Sans virus, on ne peut pas pleinement comprendre les mécanismes de l’évolution, dit Hill.

“Les virus et leurs proies ne se battent pas, ils dansent.”

Spécialiste des maladies infectieuses Colin Hill

Les virus sont extrêmement abondants. Ils infectent toute la vie cellulaire, des bactéries unicellulaires aux éléphants, et ils sont particulièrement denses dans l’océan, où ils fonctionnent comme un gigantesque réseau de recyclage, déchirant 20 % des bactéries et autres microbes chaque jour pour libérer des tonnes de carbone. , qui est ensuite utilisé par d’autres micro-organismes pour se développer.

Partout dans le monde, les virus n’infectent pas seulement les cellules, ils laissent derrière eux du matériel génétique. L’ADN viral est transmis non seulement d’une particule virale à sa descendance, mais également à d’autres virus et à d’autres espèces. De ce fait, des séquences génétiques virales ont définitivement élu domicile dans les génomes de tous les organismes, y compris le nôtre, et nous nous en remettons à eux. L’ADN viral est nécessaire à la formation du placenta des mammifères; il est crucial dans la croissance des embryons précoces ; et le système immunitaire inné humain est composé, en partie, d’anciennes protéines virales. Lorsqu’une personne combat le COVID-19, elle le fait avec l’aide de virus qui ont colonisé nos cellules il y a longtemps.

En fait, certains scientifiques considèrent les virus comme la principale source mondiale d’innovation génétique. Les virus ne sont pas une branche manquante de l’arbre de vie ; ils sont tissés dans chaque branche et feuille.

Les scientifiques peuvent toujours contester si les virus sont vivants ou non, mais ils peuvent, espérons-le, s’entendre sur l’importance des virus pour la vie telle que nous la connaissons. « Quelle que soit la manière dont vous voulez penser à la vie », dit Villarreal, « les virus vont être là. »


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