Intensifier le séquençage génomique en Afrique

Intensifier le séquençage génomique en Afrique
Intensifier le séquençage génomique en Afrique

En Afrique, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) travaille avec les pays pour intensifier la surveillance des agents pathogènes grâce au séquençage du génome afin de détecter et de répondre efficacement aux variantes de COVID-19. En 2020, l’OMS et le Centre africain de contrôle et de prévention des maladies ont établi un réseau de laboratoires de séquençage COVID-19 en Afrique qui a produit à ce jour plus de 43 000 données de séquençage.

Actuellement, le Bureau régional de l’OMS pour l’Afrique collabore avec l’Institut national sud-africain de bioinformatique (SANBI) pour mettre en place le Centre régional d’excellence pour la surveillance génomique et la bioinformatique au Cap, en Afrique du Sud. L’OMS fournit un soutien technique ainsi que plus de 4,5 millions de dollars US pour les opérations dans la région de la Communauté de développement de l’Afrique australe au cours des six premiers mois. Le centre soutiendra dans un premier temps 14 pays du Sud, multipliant par cinq leur capacité de séquençage par mois avant de s’étendre pour desservir davantage de pays.

« Le séquençage génomique nous ouvre une voie claire pour suivre le virus COVID-19, surveiller les mutations qui peuvent conduire à de nouvelles variantes et répondre efficacement et en temps opportun à des variantes plus infectieuses », explique le Dr Nicksy Gumede-Moeletsi, virologue régional avec le Bureau régional de l’OMS pour l’Afrique. « Le Centre régional permettra aux pays d’avoir une longueur d’avance sur le virus. »

L’OMS recommande aux pays d’envoyer au moins 5% de leurs échantillons de COVID-19 au laboratoire de séquençage de référence ou de continuer à produire des données de séquençage s’ils en ont la capacité. Actuellement, l’Afrique ne représente que 1% des plus de 3,5 millions de séquences COVID-19 réalisées à ce jour dans le monde.

Depuis que le Centre régional basé en Afrique du Sud a commencé ses opérations préliminaires en juillet, les activités de séquençage génomique ont quadruplé en Afrique australe. Au premier semestre 2021, les pays d’Afrique australe ont séquencé 5 510 échantillons contre plus de 24 000 actuellement. Cela a aidé les pays à détecter la présence et à comprendre l’impact des variantes préoccupantes, notamment la variante Delta, la plus contagieuse à ce jour qui est estimée à 30 à 60 % plus transmissible.

Les pays africains s’efforcent également d’intégrer le séquençage et la surveillance génomiques de routine dans la riposte nationale depuis le début de la pandémie. L’Afrique du Sud, par exemple, a détecté la variante bêta plus transmissible préoccupante en décembre 2020, aidant le pays à ajuster les mesures de santé publique.

« Le développement des opérations de gestion des données a été essentiel pour répondre aux futures flambées de maladies au-delà de COVID-19. Ces opérations de données soulignent la nécessité pour le Centre régional de renforcer les pays voisins pour assurer la production et la gestion des données locales », a déclaré le Dr Alan Christoffels, directeur du South African National Biodiversity Institute, qui fait partie des efforts visant à intensifier la surveillance génomique.

La variante Delta, qui a en partie alimenté la troisième vague pandémique de l’Afrique, actuellement en déclin, a été détectée dans 39 pays africains, tandis que les variantes Alpha et Beta ont été signalées dans 45 et 40 pays respectivement. La variante Alpha a été détectée dans la plupart des pays d’Afrique du Nord, de l’Ouest et centrale, tandis que la variante Beta est plus répandue en Afrique australe.

Le séquençage du génome a le potentiel de révolutionner la santé publique et de transformer les réponses à d’autres menaces majeures pour la santé au-delà de COVID-19. Au cours des 20 dernières années, il a été utilisé pour soutenir les réponses de santé publique en Afrique au VIH, à la polio, à la rougeole, aux hépatites B et C, au chikungunya, à la dengue, au zika et à la fièvre jaune. Les experts estiment qu’il a le potentiel de faire beaucoup plus.

« La surveillance génétique de routine devrait faire partie des systèmes de santé en Afrique. La construction de cette infrastructure doit être une priorité absolue pour les pays à l’avenir », a déclaré le Dr Gumede-Moeletsi.

Distribué par APO Group au nom du Bureau régional de l’OMS pour l’Afrique.

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