Un travail de détective ADN a découvert un ancêtre obscur du blé tendre moderne

Retracer l’impact d’un parent perdu depuis longtemps sur le blé panifiable moderne

Un travail de détective génétique a découvert un ancêtre obscur du blé panifiable moderne, dans une conclusion similaire à la découverte d’un célèbre parent perdu depuis longtemps à travers ADN analyse chez l’homme.

Dans une étude publiée dans Biotechnologie naturelle les chercheurs ont séquencé l’ADN de 242 accessions uniques de Aegilops tauschii recueillies au fil des décennies à travers son aire de répartition d’origine – de la Turquie à l’Asie centrale.

L’analyse du génome de la population dirigée par le Dr Kumar Gaurav du John Innes Center a révélé l’existence d’une lignée distincte de Aegilops tauschii limitée à l’actuelle Géorgie, dans la région du Caucase – à environ 500 kilomètres du Croissant fertile où le blé a été cultivé pour la première fois – une zone qui s’étend sur l’Irak, la Syrie, le Liban, la Palestine, Israël, la Jordanie et l’Égypte d’aujourd’hui.

Premier auteur de l’étude en Biotechnologie naturelle, Le Dr Kumar Gaurav a déclaré : « La découverte de cette contribution jusque-là inconnue au génome du blé panifiable s’apparente à la découverte de l’introgression de l’ADN de Néandertal dans le génome humain hors d’Afrique.

Des chercheurs lors d’un voyage de recherche de nourriture chez des parents de blé sauvage dans les montagnes centrales du Zagros, dans l’ouest de l’Iran. Crédit : Ali Mehrabi

« Il est très probable qu’il s’est produit par une hybridation en dehors du Croissant fertile. Ce groupe d’accessions géorgiennes forme une lignée distincte qui a contribué au génome du blé en laissant une empreinte dans l’ADN. »

La découverte vient d’une collaboration internationale majeure pour améliorer les cultures en explorant la diversité génétique utile dans Aegilops tauschii, un parent sauvage du blé tendre. L’Open Wild Wheat Consortium a réuni 38 groupes de recherche et chercheurs de 17 pays.

D’autres recherches menées par le groupe du Dr Jesse Poland à l’Université d’État du Kansas ont été publiées dans un article complémentaire dans Biologie des communications et montre que l’ancêtre Aegilops tauschii L’ADN trouvé dans le blé panifiable moderne comprend le gène qui confère une résistance et une élasticité supérieures à la pâte.

Le Dr Poland a déclaré : « Nous avons été étonnés de découvrir que cette lignée a fourni le gène le plus connu pour une qualité de pâte supérieure. »

Les chercheurs pensent que la lignée nouvellement découverte pourrait avoir été plus répandue géographiquement dans le passé et qu’elle pourrait s’être séparée en tant que population de refuge au cours de la dernière période glaciaire.

Réfléchissant à tout ce qui s’est réuni pour rendre ce travail possible, le Dr Brande Wulff, auteur correspondant de l’étude, a déclaré : « Il y a cinquante ou soixante ans, à une époque où nous comprenions à peine l’ADN, mes ancêtres scientifiques parcouraient les montagnes du Zagros dans le Moyen-Orient et la Syrie et l’Irak. Ils ramassaient des graines, pensant peut-être qu’un jour elles pourraient être utilisées pour améliorer le blé. Maintenant, nous sommes si près de libérer ce potentiel, et pour moi, c’est extraordinairement excitant. »

Déchiffrer le génome complexe du blé

Le blé « hexaploïde » moderne est une combinaison génétique complexe de différentes graminées avec un code génétique énorme, divisé en sous-génomes A, B et D. Le blé hexaploïde représente 95 pour cent de tout le blé cultivé. Hexaploïde signifie que l’ADN contient six ensembles de chromosomes – trois paires de chacun.

Grâce à une combinaison d’hybridations naturelles et de culture humaine, Aegilops tauschii fourni le génome D au blé moderne. Le génome D a ajouté les propriétés de fabrication de la pâte et a permis au blé panifiable de s’épanouir dans différents climats et sols.

L’origine du blé panifiable hexaploïde moderne a longtemps fait l’objet d’un examen minutieux avec des preuves archéologiques et génétiques suggérant que le premier blé a été cultivé il y a 10 000 ans dans le Croissant fertile.

La domestication, tout en augmentant le rendement et les performances agronomiques, s’est faite au prix d’un goulot d’étranglement génétique prononcé érodant la diversité génétique des caractères protecteurs présents dans Aegilops tauschii comme la résistance aux maladies et la tolérance à la chaleur.

L’analyse effectuée par le Dr Gaurav et l’équipe de recherche a révélé que seulement 25 % de la diversité génétique présente dans Aegilops tauschii en fait du blé hexaploïde. Pour explorer cette diversité dans le pool génétique sauvage, ils ont utilisé une technique appelée cartographie d’association pour découvrir de nouveaux gènes candidats pour la résistance aux maladies et aux ravageurs, le rendement et la résilience environnementale.

Le Dr Sanu Arora, qui avait auparavant dirigé une étude pour cloner des gènes de résistance aux maladies à partir de Aegilops tauschii a déclaré: “Auparavant, nous étions limités à l’exploration d’un très petit sous-ensemble du génome pour la résistance aux maladies, mais dans l’étude actuelle, nous avons généré des données et des techniques pour entreprendre une exploration impartiale de la diversité des espèces”.

D’autres expériences ont démontré le transfert de gènes candidats pour un sous-ensemble de ces caractères dans le blé en utilisant la transformation génétique et le croisement conventionnel – facilité par une bibliothèque de blés synthétiques – du matériel spécialement sélectionné qui incorpore Aegilops tauschii génomes.

Cette bibliothèque accessible au public de blés synthétiques capture 70 pour cent de la diversité présente dans les trois Aegilops tauschii lignées, permettant aux chercheurs d’évaluer rapidement les caractères dans un contexte de blés hexaploïdes.

« Notre étude fournit un pipeline de bout en bout pour une exploration rapide et systématique de la Aegilops tauschii pool génétique pour améliorer le blé panifiable moderne », explique le Dr Wulff.

« La diversité des gènes de gluténine de haut poids moléculaire chez Aegilops tauschii démontre une origine unique de qualité supérieure du blé », apparaît dans Biologie des communications.

Référence : « L’analyse génomique de la population d’Aegilops tauschii identifie des cibles pour l’amélioration du blé tendre » 1er novembre 2021, Biotechnologie naturelle.
DOI : 10.1038 / s41587-021-01058-4

 
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